Il y a une grande incompréhension quant aux tolérances de nombre de jours presté à l'étranger stipulées dans les conventions fiscales entre les pays
La convention fiscale s'impose au droit fiscal national. S'agissant de l'impôt sur le revenu des personnes physiques, ce dernier régit la relation entre le contribuable et l’État. L'employeur n'est impliqué que comme intermédiaire percepteur de l'imposition à la source. Il ne peut pas décider comment le contribuable salarié doit être imposé à sa place. Il existe beaucoup d'entreprises au Luxembourg qui le font depuis longtemps pour certains salariés qui sont amenés à voyager beaucoup.
Pour le cas de la France, le frontalier français salarié au Luxembourg par un employeur privé peut choisir le lieu d'imposition de ses jours de télétravail dans la limite de 29 jours. Au delà, c'est l'ensemble des jours qui sont imposés en France.
L'employeur doit décompter les jours de télétravail et les exonérer d'impôt Luxembourgeois. Il doit alors prélever à la source l'impôt français (selon le taux communiqué par la DGFiP via PASRAU) et l'envoyer au fisc français. Ainsi, la convention fiscale entre la France et le Luxembourg est respectée. Charge ensuite au contribuable salarié de régulariser sa situation à l'occasion de ses déclarations fiscales annuelles s'il souhaite bénéficier de la tolérance et fiscaliser ses jours de télétravail au Luxembourg. Celui qui se prévaut des effets d'une tolérance doit pouvoir justifier qu'il peut le faire (au plus 29 jours télétravaillé)
Par expérience, il est très souvent plus intéressant de payer l'imposition de ses jours télétravaillés en France plutôt qu'au Luxembourg, notamment si l'on a des enfants à charge.